Dans les contrées éloignées de notre monde, la magie existe toujours, incarnée dans les esprits de la terre, du ciel et de la nature. Les grandes puissances européennes étendant les empires coloniaux de plus en plus loin, ils vont inévitablement atteindre des terres dans lequel les esprits sont toujours puissants. Et quand ils le feront, les éléments eux-mêmes se battront auprès des populations natives.

Spirit Island est un jeu coopératif dans lequel les joueurs incarnent des esprits qui vont défendre leur île contre l'invasion des colons.